Las irregularidades fueron detectadas tras analizar el ejercicio fiscal 2013.
A partir de entonces, la Auditoría Superior de la Federación recibió denuncias contra diversos funcionarios del gobierno de Duarte, por el presunto desvío de recursos.
Entre los señalamientos destacan un posible desfalco por 296 millones de pesos del Fondo de Aportaciones para la Seguridad Pública de los estados y de la Ciudad de México, pues no se entregaron documentos sobre el uso de los recursos.
Otra muestra: organismos civiles señalaron que en 2014 no se entregaron 20 millones de pesos al Instituto Veracruzano de las Mujeres.
El 20 de febrero de 2016, en el reporte de la Auditoría Superior de la Federación, se detectaron posibles malos manejos públicos en el estado de Veracruz, ahora cometidos durante 2014.
La suma considerada como posible daño patrimonial ascendió a 14 mil 47 millones de pesos durante el ejercicio de ese año, y un acumulado de 35 mil 421 millones de pesos durante el sexenio hasta ese momento.
El 3 de abril del año 2015, Yunes Linares denunció penalmente a Duarte por enriquecimiento ilícito por un monto de tres mil millones de pesos.
En la denuncia se asentó que el mandatario estatal y una presunta red de cómplices supuestamente tienen propiedades en Veracruz; la Ciudad de México; Houston; Madrid, un hotel en Bilbao y un rancho en Valle de Bravo, Estado de México con 25 caballerizas.
El caso se hizo aún más estridente después de las elecciones estatales del 5 de junio de 2016, cuando el candidato vencedor, Yunes linares, amplió la denuncia contra Duarte luego de que una investigación periodística revelara la probable desaparición de por lo menos 645 millones de pesos en empresas fantasma.
A esas denuncias se suma la de la Universidad Veracruzana, que en febrero del 2016 promovió dos denuncias penales porque no recibió más de 2 mil millones de pesos del gobierno estatal.
El 11 de agosto de 2016, la Auditoría Superior de la Federación interpuso denuncias penales contra 14 estados a los que acusó de simular la devolución de dinero del presupuesto federal durante el ejercicio 2014. Veracruz ocupó el primer lugar con 4 mil 470 millones de pesos.
Como resultado de las auditorías efectuadas entre 2011 y 2013 por el organismo, las observaciones con impacto económico pendientes de solventar por el estado de Veracruz ascienden a 35 mil 421 millones de pesos.
Son 60 las denuncias penales contra la administración de Duarte presentadas por la Auditoría Superior de la Federación ante la PGR, por un daño patrimonial que, de comprobarse, superaría los 60 mil millones de pesos.
El 12 de octubre, 50 días antes de concluir su mandato, Javier Duarte de Ochoa solicitó licencia a su cargo como gobernador, bajo el argumento de que buscaría limpiar ante la opinión pública su nombre y el de su familia.
Unos días después, el 25 de octubre de 2016, fue expulsado del Partido Revolucionario Institucional.
El 9 de noviembre, la PGR congeló 107 cuentas bancarias vinculadas con empresas y supuestos cómplices de Duarte.
El 11 de noviembre, la PGR ofreció una recompensa de 15 millones de pesos para quien diera información que llevara a la captura de Duarte.